Muzeum o cha­rak­te­rze arche­olo­giczno-histo­rycz­nym zostało utworzone 20 maja 1966 roku z ini­cja­tywy Zespołu Badań nad Pol­skim Śre­dnio­wie­czem. Nadrzęd­nym celem, jaki przy­świe­cał Zespo­łowi przy zakła­da­niu nowej pla­cówki było gro­ma­dze­nie, udo­stęp­nie­nie i popu­la­ry­za­cja zabyt­ków rucho­mych pozy­ska­nych w trak­cie badań arche­olo­gicz­nych z lat 1949–1964. Istot­nym ele­men­tem było zabez­pie­cze­nie i udo­stęp­nie­nie relik­tów archi­tek­to­nicz­nych – kościoła św. Miko­łaja wraz z misą chrzcielną (bada­nia arche­olo­giczne z 2021 roku odrzu­ciły kon­cep­cję bap­ty­ste­ryj­nej funk­cji „misy”) oraz mate­rii zabyt­ko­wej odkry­tej w pod­zie­miach kole­giaty.

Począt­kowo Muzeum znaj­do­wało się w przy­zie­miu ówcze­snego Domu Kul­tury, które zaadap­to­wano na cele eks­po­zy­cyjne oraz w wybu­do­wa­nym w 1964 roku pawi­lo­nie arche­olo­gicz­nym chro­nią­cym relikty świą­tyni św. Miko­łaja. W 1981 roku powstał pomysł prze­nie­sie­nia Muzeum do tzw. Kamie­nicy Brac­twa Różań­co­wego, XVII-wiecz­nego budynku ulo­ko­wa­nego bez­po­śred­nio przy wiślic­kim rynku głów­nym. Otwie­rało to nowe per­spek­tywy wysta­wien­ni­cze, moż­li­wo­ść posia­da­nia pra­cowni, biura czy maga­zy­nów muze­al­nych.

Nie­stety pro­po­zy­cja prze­nie­sie­nia Muzeum do nowej sie­dziby upa­dła. Ostat­nia szansa na roz­wój poja­wiła się w 1986 roku. Wtedy to pod­jęto ini­cja­tywę remontu pawi­lonu arche­olo­gicz­nego. Prace prze­pro­wa­dzano zimą, co tylko pogłę­biło zły stan tech­niczny budynku. W kil­ka­na­ście lat póź­niej, w 1999 roku, w związku z reformą szkol­nic­twa w Pol­sce wpro­wa­dza­jącą trzy­let­nie gim­na­zjum jako nowy typ szkoły oraz z potrzebą utwo­rze­nia nowej pla­cówki edu­ka­cyj­nej pod­jęto decy­zję o likwi­da­cji Muzeum oraz Domu Kul­tury. Budy­nek zaadap­to­wano do nowego celu. Począw­szy od 1999 roku Muzeum funk­cjo­no­wało jako refe­rat gminy. W 2003 roku wydzier­ża­wiono na rzecz Muzeum pomiesz­cze­nie w Domu Dłu­go­sza, które w latach 2000–2003 pod­le­gało pra­com restau­ra­tor­sko-budow­la­nym w związku z odsło­nię­ciem gotyc­kich malo­wi­deł naścien­nych.

W 2010 roku po prze­kształ­ce­niu „muze­al­nego refe­ratu gmin­nego” w samo­rzą­dową insty­tu­cję kul­tury dzia­ła­jącą w opar­ciu o nowo­cze­sny sta­tut, pla­cówka posia­dła wszel­kie pod­stawy prawne do „ponow­nego” roz­po­czę­cia funk­cjo­no­wa­nia. Od początku 2017 roku funk­cjo­nuje jako oddział Muzeum Naro­do­wego w Kiel­cach.

Dzięki moder­ni­za­cji Muzeum Arche­olo­gicz­nego w Wiślicy, prze­pro­wa­dzo­nej w latach 2018–2022, zabytki wiślic­kie można zwie­dzać, korzy­sta­jąc z trasy pod­ziem­nej. Pow­stała też nowa wystawa, na którą skła­dają się do tej pory nie­ek­spo­no­wane obiekty oraz inte­rak­tywne wido­wi­sko pre­zen­tu­jące relikty naj­star­szej romań­skiej archi­tek­tury na tle naj­daw­niej­szych dzie­jów Wiślicy.