To unikalny podziemny szlak, który łączy najważniejsze wiślickie artefakty, integrując dotychczas odrębne elementy ekspozycji muzealnej. Prace konserwatorskie i budowlane przeprowadzone w ramach modernizacji pozwoliły skutecznie zabezpieczyć skarby Wiślicy. 
W muzeum wyodrębniono miejsce dla zabytków specjalnie sprowadzonych do muzeum oraz dla eksponatów odkrytych podczas prac archeologicznych prowadzonych w trakcie modernizacji obiektu. Dzięki tym pracom możliwe stało się zaprezentowanie historycznych poziomów budowlanych, wątków kamiennych i reliktów odsłoniętych obiektów, a także drobnych artefaktów archeologicznych, takich jak ceramika, sprzęty i narzędzia metalowe czy numizmatyka, pochodzących z badań wokół kolegiaty. Ekspozycja wykorzystuje najnowsze techniki wizualizacji obiektów, dzięki czemu zwiedzający mogą zobaczyć m.in. animację budowy bazyliki romańskiej i jej transformację w kolegiatę, a także trójwymiarowe modele budowli i przedmiotów używanych przez mieszkańców Wiślicy od IX do XVI wieku. Trasę zaplanowano w taki sposób, aby jednocześnie chronić zabytki i zwiększyć komfort zwiedzania.
Pawilon Archeologiczny
To nowoczesny obiekt chroniący relikty kościółka św. Mikołaja [?] – jednej z najstarszych świątyń tzw. serii kupieckiej, wzniesionej przy ważnym szlaku handlowym, biegnącym od Pragi aż na Ruś Kijowską. Fundamenty kościoła odkryte zostały w 1958 roku. Był małą, jednonawową budowlą o wymiarach nawy 4,65 x 3,3 metra, z półkolistą absydą o średnicy około 2 metrów zwróconą ku wschodowi. Świątynie rozebrano pod koniec XIII wieku prawdopodobnie z polecenia biskupa Jana Muskaty, a uzyskany materiał wykorzystano do budowy dormitorium. Istnieje przypuszczenie, że w jego miejscu powstała później drewniana kaplica.
W 1959 roku podczas prac archeologicznych przy reliktach kościoła odkryto obiekt, który badacze początkowo zinterpretowali jako hipotetyczną misę chrzcielną, która miała być materialnym świadectwem przyjęcia chrztu około 880 roku w obrządku wschodnim. Współcześnie koncepcja baptysteryjnej funkcji „misy” została ponad wszelką wątpliwość odrzucona. Potwierdziły to badania archeologiczne z 2021 roku, które wskazują, że obiekt datowany jest na schyłek XI wieku.
Rezerwat Archeologiczny w podziemiach bazyliki
W podziemiach bazyliki mniejszej zachowały się relikty dwóch romańskich świątyń.
Pierwsza, starsza świątynia z kryptą została ufundowana w połowie XII wieku przez księcia Henryka Sandomierskiego. Składała się z prostokątnej nawy (prawdopodobnie z emporą zachodnią) oraz z dwupoziomowej części prezbiterialnej na rzucie prostokąta o wymiarach 5,66 × 3,6 m, zamkniętej półkolistą absydą o średnicy 3,9 m. Świątynia została rozebrana w 1. połowie XIII wieku, najpewniej z powodu powolnego osiadania północnej części muru krypty na grząskim terenie.
Najcenniejszym zabytkiem z tego okresu jest płyta orantów (1175–1177) – rytowana, jastrychowa posadzka o wymiarach 4,12 × 2,44 m, zajmująca środkową część krypty. Przedstawione na niej postaci to najpewniej fundatorzy wraz ze swoimi rodzinami: Kazimierz Sprawiedliwy z żoną Heleną Znojemską oraz synami – Bolesławem i Kazimierzem, Henryk Sandomierski oraz niezidentyfikowana osoba duchowna (być może pierwszy prepozyt kościoła, biskup krakowski Gedko albo nawet Wincenty Kadłubek). Inskrypcja biegnąca wzdłuż wschodniej krawędzi płyty głosi:
HI CONCULCARI QUERUNT UT IN ASTRA LEVARI: POSSINT ET PARITER VE
(Ci pragną być podeptani, aby mogli być wzniesieni do gwiazd).
Płyta orantów uznawana jest za najcenniejszy zabytek Wiślicy i jedno z najważniejszych dzieł sztuki romańskiej w Europie.
Druga, młodsza świątynia romańska, wzniesiona około połowy XIII wieku, została przesunięta na zachód w celu uniknięcia niestabilnego gruntu. Była to trójnawowa, beztranseptowa, czteroprzęsłowa bazylika o prostokątnym prezbiterium ujętym w dwie prostokątne kaplice, o dwuwieżowej fasadzie zachodniej. Interesującymi elementami świątyni są zachowana późnoromańska glazurowana posadzka ceramiczna pochodząca z części prezbiterialnej i nawowej, zdobiona rozetami, oraz relikty wież zachodnich wraz z profilowanym cokołem. 
Podziemny korytarz
Na ekspozycji w podziemnym korytarzu, powstałym w trakcie przebudowy muzeum, prezentowane są zabytki specjalnie sprowadzone do Wiślicy oraz te wydobyte podczas prac archeologicznych prowadzonych w ramach modernizacji obiektu. Można tu zobaczyć historyczne poziomy budowlane, wątki kamienne i relikty odsłoniętych obiektów, a także drobne artefakty archeologiczne, w postaci ceramiki, sprzętów i narzędzi metalowych oraz numizmatyki, pochodzące z badań wokół kolegiaty.