Idea powstania Sanktuarium wiąże się z wydarzeniami, jakie miały miejsce po śmierci Józefa Piłsudskiego. Marszałek zmarł 12 maja 1935 roku w Warszawie. Narodową żałobę przeżywano pomimo głębokich różnic politycznych, dzielących społeczeństwo II Rzeczypospolitej. Skala wydarzeń związanych z pogrzebem nie miała sobie równych w międzywojennej Polsce. Podjęto wówczas szereg inicjatyw, które w sposób szczególny wyróżniły miejsca związane z osobą Józefa Piłsudskiego. Jedną z nich było powstanie Sanktuarium w miejscu sztabu i kwatery głównej Legionów Polskich z 1914 roku w dawnym Pałacu Biskupów Krakowskich, ówczesnej siedzibie Urzędu Wojewódzkiego. Pomysłodawcą przedsięwzięcia był wojewoda kielecki Władysław Dziadosz, były legionista. Zdecydowano stworzyć ekspozycję, która nie oddawała charakteru miejsca z okresu pobytu kwatery głównej, ale tworzyła przemyślany program ideowo-architektoniczny, upamiętniając niepodległościowy czyn legionowy i wpisując się w sanacyjną politykę kreowania państwowego kultu marszałka.
Odrębne wejście do Sanktuarium, od strony południowego dziedzińca pałacu, zaprojektował warszawski rzeźbiarz Stanisław Rzecki. Na podstawie projektu wojewódzkiego konserwatora Andrzeja Olesia oraz inż. Wacława Junga wykonano również nowe tarasy. Wejście zdobi portal z piaskowca zwieńczony kartuszem. W jego polu znajduje się orzeł strzelecki bez korony, z literą S na palcie i inicjałami JP ponad nim. Kartusz otacza sześć sztandarów. Powyżej, we wnęce okiennej, umieszczono tablicę z piaskowca autorstwa kieleckiego rzeźbiarza Wincentego Skuczyńskiego z cytatem z pieśni IV „Beniowskiego” Juliusza Słowackiego:
„Ufaj mi, synu! jeśli wytkniesz sobie / Drogę, a prostą – to choćby do słońca / Zalecisz, często na krzyżu lub grobie / Odpoczywając. – Lećże więc bez końca, / A będziesz chodził w anielskiej ozdobie / Jako ojczyzny i wiary obrońca; / A nim zasługi twoje w niebie zginą, / Ziemia przeminie i gwiazdy przeminą”.
Portal wejściowy prowadził do Sali Sztandarowej. Był to dawny pokój komendanta kwatery głównej Mieczysława Trojanowskiego. Ta część ekspozycji stanowiła salę chwały Legionów, w której prezentowano kopie sztandarów pułków legionowych wykonanych dla Sanktuarium: 1., 2., 3., 4., 5. i 6. Pułku Piechoty Legionów, 2. Pułku Artylerii Lekkiej, 2. Pułku Szwoleżerów Rokitniańskich oraz 2. Pułku Ułanów. Sztandary prezentowane były na żelaznych uchwytach, których kompozycję oparto na motywie Krzyża Polonia Restituta. Posadzkę wyłożono płytami marmurowymi we wzór szachownicy – zachowała się do dzisiaj, podobnie jak portale z piaskowca.
Fot. Sala Sztandarowa w latach 1938-1939, pocztówka ze zbiorów Działu Historii MNKi
Właściwe Sanktuarium (Sala Marmurowa) to dawny osobisty pokój Józefa Piłsudskiego. Ozdobiono go marmurowymi okładzinami na ścianach i marmurową posadzką z charakterystycznym motywem wężyka generalskiego. Te elementy wystroju zachowały się jako oryginalne, tak samo jak marmurowe portale. Motywy z inicjałami JP, wężykiem generalskim oraz Krzyżem Polonia Restituta powtórzono także w innych elementach wystroju Sanktuarium. Pośrodku sali, na marmurowym postumencie, umieszczono alabastrową maskę pośmiertną marszałka. W marmurowej niszy pomiędzy oknami wyeksponowano popiersie Piłsudskiego z brązu, autorstwa Stanisława Rzeckiego. W gablocie znajdowała się kurtka mundurowa strzelecka Józefa Piłsudskiego, którą ofiarowała do Sanktuarium żona marszałka – Aleksandra Piłsudska.
Ekspozycję zamyka Kaplica. W niszy okiennej umieszczono obraz Matki Boskiej Ostrobramskiej, przed nim świeczniki. Skromnego wyrazu całości dopełnił żeliwny żyrandol i posadzka z kamiennych płyt. W loggii wejściowej pałacu odsłonięto również płytę informującą, że w tym miejscu znajdowała się kwatera główna Józefa Piłsudskiego. W czasie wojny oraz w latach powojennych Sanktuarium zostało zdewastowane. Wielu elementów oryginalnego wyposażenia nie udało się odnaleźć do dzisiaj. W salach Sanktuarium po wojnie znajdowały się biura Prezydium Wojewódzkiej Rady Narodowej. W roku 1971 zespół pałacowy został przejęty przez ówczesne Muzeum Świętokrzyskie, które w 1975 roku otrzymało zaszczytny tytuł Muzeum Narodowego. Sale dawnego Sanktuarium pełniły wówczas rolę magazynów. Z początkiem 1990 roku Muzeum rozpoczęło rekonstrukcję Sanktuarium na podstawie dokumentacji fotograficznej. Otwarcie odbyło się 5 grudnia 1990 roku, w 123. rocznicę urodzin Józefa Piłsudskiego.
Obecnie znajdują się w tej przestrzeni wykonane współcześnie kopie: sztandarów 1. i 4. Pułku Piechoty Legionów, maski pośmiertnej Józefa Piłsudskiego odtworzonej przez rzeźbiarkę Annę Dulny-Perlińską, czy kurtki marszałkowskiej, którą wykonali Bożenna Stangreciak i Jerzy Kazimierski z Pracowni Kostiumowej Teatru Powszechnego w Łodzi według rysunków Bohgdana Furnala.
Eksponowane są również obrazy lwowskiego malarza Stanisława Batowskiego-Kaczora „Wejście Strzelców do Kielc”, „Potyczka na folwarku Czarnów”, a także kopia obrazu Batowskiego wykonana w 1994 roku przez Krzysztofa Jackowskiego „Potyczka przed Hotelem Bristol”, według oryginału znajdującego się w Muzeum Oręża w Kołobrzegu.
Wyjątkowym zabytkiem jest również „Księga Złota Miasta Kielc”, z dyplomami honorowych obywatelstw oraz wpisami osobistości życia politycznego, m.in. marszałka Józefa Piłsudskiego, marszałka Edwarda Śmigłego-Rydza czy gen. broni Kazimierza Sosnkowskiego. Stałą ekspozycję dopełniają modele pomników – Czynu Legionowego i Józefa Piłsudskiego w Opatowcu oraz kartusze kamienne z herbami: Rzeczypospolitej i rodu Piłsudskich.