Kościół św. Ducha w Wiślicy wraz ze szpitalem dla ubogich zbudowano w południowej części miasta, a właściwie poza jego murami, przy bramie Krakowskiej w pierwszej połowie XV wieku. Około roku 1440 został uposażony przez kanonika krakowskiego Jakuba ze Zborowa i Jana z Dobry, którzy zrobili zapis na utrzymanie proboszcza przy tym kościele. Kolatorem kościoła był magistrat wiślicki. W szpitalu (przytułku) znajdowało się na początku 12 ubogich z Wiślicy, którzy obowiązani byli rano i wieczorem odmawiać pacierze i modlić się za fundatorów, do spowiedzi co kwartał przystępować i kościółek zamiatać. Z czasem liczba osób w przytułku zwiększyła się. Według tradycji szpital dla ubogich oraz kościół św. Ducha wystawić miała królowa Jadwiga, jako wotum za pozytywne dla niej rozwiązanie sprawy sądowej z Gniewoszem z Dalewic.
Kościół jest zabytkiem słabo rozpoznanym, podobnie jak jego funkcje i znaczenie w życiu lokalnej społeczności miasta. Był typową średniowieczną fundacją pobożną, która w wyniku przemian społecznych, ekonomicznych i administracyjnych u schyłku epoki nowożytnej utraciła pierwotne znaczenie. Ostatecznie przestał on pełnić swoje funkcje w XIX wieku, a jego budynek został rozebrany w 1822 roku. Pomimo tego miejsce szpitala pełniło nadal niektóre ze swoich funkcji, wpisując się w życie społeczne miasta i jego okolic. Badania Zofii Wartołowskiej wskazują, że przykościelny cmentarz działał jeszcze w XVIII wieku, zatem po okresie, w którym szpital był sprawnie działającą instytucją. Możliwe jest jednak, że mógł on być wykorzystywany jeszcze w początkach XIX wieku – w okresie, gdy szpital nie spełniał już swoich funkcji. Sondażowe badania archeologiczne pozwalają wysnuć hipotezę, że lokalny cmentarz był miejscem pochówku osób spoza szpitala w okresie epidemii. Na szczególne znaczenie kościoła św. Ducha wskazuje jego ustrój. Szczególną pozycję w hierarchii instytucji miejskich kościół zawdzięczał składowi osobowemu jego administratorów. Mimo że założenie szpitalne było usytuowane extra muros (poza murami), w zarządzaniu instytucją i należącym do niej kościołem brała udział rada miejska, a kościół znajdował się zwyczajowo pod opieką kanoników kolegiaty wiślickiej. Związki z dwoma elitarnymi środowiskami Wiślicy łączyły go z miastem i wyznaczały wysoki poziom jego prestiżu. Na znaczenie kościoła w życiu miejscowej społeczności wskazuje pośrednio także fakt, że po pożarze, w którym spłonął kościół drewniany, wzniesiono już budynek murowany, choć nadal skromnych rozmiarów. Można zatem sądzić, że przyszpitalny kościół miał szczególne znaczenie i wraz z cmentarzem pełnił różne funkcje, wykraczające poza obsługę religijną mieszkańców. Pomimo że kościół nie wyróżniał się wielkością, jego wyposażenie wskazuje, że był on lokalnym ośrodkiem kultu, który oddziaływał przynajmniej na najbliższe otoczenie i społeczność zamieszkującą poza szpitalem. Spośród elementów wyposażenia zwracają uwagę dwa dzwony, z których jeden był zawieszony we wnętrzu. Z treści inwentarzy wynika, że sygnaturka kościelna była pierwotnie niedużą dzwonnicą, mieszczącą dwa niewielkich rozmiarów dzwony, określane jako średnie – jeden był mniejszy, drugi większy. Te szczegóły wskazują, że kościół mógł być żywym ośrodkiem życia liturgicznego, zwołującym wiernych na okresowe modlitwy, a przynajmniej informującym ich o upływie czasu sakralnego. Można przypuszczać, że zróżnicowanie wielkości dzwonów służyło wyznaczaniu rytmu czasu różnych praktyk religijnych. Być może miały gromadzić na modlitwie nie tylko społeczność szpitala. Dzwonnica była także miejscem przechowywania najcenniejszych dokumentów szpitala: zbioru praw i przywilejów instytucji oraz używanych przez prepozytów ksiąg liturgicznych. W świetle inwentarza ksiąg i rękopisów kościół św. Ducha można scharakteryzować jako miejsce ożywionej aktywności religijnej. Na znaczenie kościoła wskazuje także liczba znajdujących się w nim ołtarzy. W 1590 roku, oprócz ołtarza głównego, w niewielkim wnętrzu znajdowały się dwa ołtarze boczne wyposażone tak, by można było sprawować przy nich liturgię mszalną. Szczegół ten wskazuje, że oprócz zwyczajowej liturgii w kościele było możliwe także odprawianie mszy wotywnych przy ołtarzach bocznych. Kościół pełnił funkcję lokalnego ośrodka kultu, na co wskazuje obecność relikwii przechowywanych w skarbcu kościoła, zwyczajowo pochodzących z pobożnych legatów. W kościele św. Ducha przechowywane były relikwie, które w XVII wieku znajdowały się już w jednym pacyfikale. Jest możliwe, że były one gromadzone stopniowo, a następnie zostały umieszczone razem ze względów praktycznych. Niezależnie od specyfiki ich przechowywania, sama ich obecność wskazuje na aktywność środowiska zamożnych donatorów, którzy ofiarowali je kościołowi, zapewne z nadzieją uzyskania łask w wyniku liturgii odprawianej w kościele szpitalnym. Możliwe jest, że zgodnie ze średniowieczną tradycją kościół św. Ducha był miejscem lokalnych pielgrzymek lub celem indywidualnych praktyk religijnych również przedstawicieli elit społeczeństwa, którzy byli dostatecznie zamożni, by przekazać relikwie na własność kościoła.
