W historii budynku Muzeum Stefana Żeromskiego istotne są dwa nazwiska. Pierwsze to Konstanty Felicjan Szaniawski, biskup krakowski, herbu Junosza, fundator budynku oraz Aleksandra Dobrowolska, inicjatorka utworzenia miejsca poświęconego piewcy ziemi świętokrzyskiej - Stefanowi Żeromskiemu.
Nauka w nowo wybudowanym budynku, znajdującym się na tzw. Krakowskim Przedmieściu, w sąsiedztwie kościoła św. Trójcy rozpoczęła się 4 września 1727 roku. Od tego czasu uczniowi zdobywali wiedzę, pod bacznym okiem księży z Instytutu Communis Vitae. Księża, zwani bartoszkami, przygotowywali chłopców, do służby kapłańskiej, gdyż szkoła pełniła funkcję służebną wobec mieszczącego się obok seminarium. W czasie, kiedy rządy w kieleckiej placówce edukacyjnej sprawowali księża sprowadzeni przez biskupa Szaniawskiego nosiła ona nazwę Szkoły księży Bartolomitów (1727-1819).
Na charakter oraz nazwę szkoły duży wpływ miały wydarzenia historyczne, które zapisały się w historii naszego kraju.
Po ostatnim rozbiorze Polski, Kielce znalazł się pod zaborem austriackim. Sytuacja ta, spowodowała wiele zmian w kieleckiej placówce m.in.: zmianę nazwy na gimnazjum, przedmiotów nauczania. W tym czasie funkcjonowania kieleckiej szkoły, kładziono duży nacisk na naukę języka niemieckiego, zaś w mniejszym stopniu, kształcono w zakresie nauk matematyczno - przyrodniczych. W 1809 roku w gmachu szkolnym przy ul. Jana Pawła II 5 miał miejsce pożar, którego efektem było wstrzymanie edukacji na przeszło rok. W czasie, gdy w szkole rządy sprawowali księża komuniści, jej wychowankami był m.in. Piotr Ściegienny, ksiądz związany z naszym regionem, organizator powstania chłopskiego w 1844 roku w świętokrzyskich lasach. Zmiana nazwy szkoły w 1816 roku była spowodowana niskim poziomem nauczania oraz przeniesieniem do Kielc urzędów województwa krakowskiego. Szkoła Wojewódzka, a później zwana także Departamentową była w pełni uczelnią państwową. Świetność placówki trwała do 1832 roku - do tego też roku szkoła nosiła nazwę Szkoły Wojewódzkiej.
W związku z powstaniem listopadowym i represjami z nim związanymi edukacja w kieleckiej szkole została zawieszona. Nowy rok szkolny uczniowie rozpoczęli jesienią 1833 roku w placówce o nowej nazwie i nowym systemie edukacyjnym – w Gimnazjum Wojewódzkim, a od 1837 do 1840 roku Gubernialnym. Z rozkazu władz rosyjskich, w roku 1840 kielecka szkoła została zamknięta. Car nie chciał się zgodzić na przywrócenie w mieście instytucji kształcącej. Nastąpiło to dopiero w 1844 roku, kiedy z Pińczowa przeniesiono do Kielc Szkołę Powiatową, którą niebawem nazwano Szkołą Wyższą Realną. Taka nazwa placówki obowiązywała do 1862 roku. W tym czasie w Kielcach nauki pobierał Adolf Dygasiński czy Alfons Grotowski - współtwórca systemu wodociągów miejskich w Warszawie. Na kolejną, nową nazwę szkoły nie należało długo czekać. W związku ze zmianą profilu nauczania - gimnazjum z przeważającą ilością przedmiotów filologicznych od 1862 do 1872 szkoła nosiła nazwę Gimnazjum Klasycznego.
Rok 1863 w historii Polski związany jest z powstaniem styczniowym i kolejnymi zmianami zachodzącymi w kieleckiej placówce. Od 1871 r. językiem wykładowym stał się język rosyjski. Nastąpiły lata bezwzględnej rusyfikacji. Kieleckie Gimnazjum Klasyczne przemianowano na Męskie Gimnazjum Rządowe (1873 r.). w tym okresie uczniem szkoły był m.in. Aleksander Głowacki, zaś jego starszy brat – Leon – wykładowcą. Taka nazwa placówki utrzymała się dość długo, bo aż do 1915 roku. Ten czas, w historii szkoły, jest bardzo istotny, gdyż od roku 1874 do 1886 w kieleckiej szkole przebywa późniejszy pisarz, Stefan Żeromski, który w „Syzyfowych pracach” tak opisał szkolny gmach: „Wąskie okna wpuszczone były w mury grube i chłodne; panował tam jeszcze dawny cień i smutek”. W tym czasie w męskim Gimnazjum Rządowym wykładowcami byli znani i cenieni pedagodzy m.in. Antoni Gustaw Bem (1848-1902) - nauczyciel języka polskiego, Tomasz Siemiradzki - wykładowca historii i języków starożytnych. Zanim jednak doszło do utworzenia muzeum, budynek szkolny odwiedzili kolejni uczniowie, a szkoła nosiła kolejne nazwy. W czasie pierwszej wojny światowej, kiedy w Kielcach stacjonowały wojska austriackie, kielecka placówka edukacyjna funkcjonowała pod nazwą Publicznego Gimnazjum Kieleckiego (1916-1919), zaś 1919 do 1933 roku Państwowego Gimnazjum im. Mikołaja Reja.
W 1932 roku mury kieleckiej placówki została wmurowana płyta, która informowała przechodniów o uczęszczaniu do niej Stefana Żeromskiego, późniejszego patrona szkoły, która od 1934 roku nosiła nazwę Państwowego Gimnazjum i Liceum im. Stefana Żeromskiego. Taka nazwa szkoły obowiązywał do 1939 roku. W tym czasie jej uczniami były osoby znane głównie z twórczości literackiej oraz działalności patriotycznej: Gustaw Herling Grudziński, Józef Ozga Michalski O Kielcach i realiach nauki w szkole mieszczącej się przy ulicy Jana Pawła II 5 pisał także jej absolwent Wiesław Jażdżyński w utworze pt. Okolica starszego kolegi. Nie sposób nie wymienić w tym miejscu takich nazwisk jak Marian Sołtysiak – Barabasz czy Jerzy Krzeczowski.
Na czas wojny, szkoła została zamknięta, a jej powierzchnia przeznaczona na szpital zakaźny. Zaraz po wyzwoleniu Kielc spod okupacji szkoła nosiła nazwę sprzed wojny, czyli Państwowe Gimnazjum i Liceum im. Stefana Żeromskiego. Taka nazwa funkcjonowała do 1948 roku, kiedy to po raz ostatni zmieniono jej nazwę na Państwową Szkołę Ogólnokształcącą Stopnia Licealnego im. Stefana Żeromskiego. Nauka w tym miejscu trwała do roku 1962, kiedy to liceum imienia piewcy Ziemi Świętokrzyskiej przeniesiono do nowego gmachu szkolnego, mieszczącego się przy ul. Piotra Ściegiennego, gdzie do dnia dzisiejszego mieści się kieleckie liceum im. Stefana Żeromskiego. Niekonserwowany od lat budynek wymagał generalnego. W starym, wyremontowanym budynku, pochodzącym z XVIII wieku, gdzie w latach 1874-1888 uczył się największy pisarz Regionu Świętokrzyskiego powstało Muzeum Lat Szkolnych Stefana Żeromskiego.
W 2022 r. w związku z planami poszerzenia wystawy stałej dotyczącej życia i twórczości Stefana Żeromskiego muzeum zmieniło nazwę na Muzeum Stefana Żeromskiego.
