Na ekspozycji w podziemnym korytarzu powstałym w trakcie przebudowy muzeum, prezentowane są zabytki specjalnie sprowadzone do Wiślicy, ale przede wszystkim te wydobyte podczas prac archeologicznych prowadzonych w ramach modernizacji obiektu. Można tu zobaczyć historyczne poziomy budowlane, wątki kamienne i relikty odsłoniętych obiektów, drobne artefakty archeologiczne w postaci ceramiki, sprzętów i narzędzi metalowych, numizmatyki, pochodzące z prac badawczych wokół kolegiaty. Najnowsze techniki wizualizacji obiektów pozwalają zwiedzającym zobaczyć m.in. animację budowy bazyliki romańskiej i jej transformację do kolegiaty czy trójwymiarowe modele budowli i przedmiotów używanych przez naszych przodków od IX do XVI wieku.
