W 1959 roku prace badawcze w kolegiacie wiślickiej rozpoczął Zespół Badań nad Polskim Średniowieczem Uniwersytetu Warszawskiego i Politechniki Warszawskiej. Opierając się na odnalezionych materiałach, pozostawionych przez zwierzchnika odbudowy kościoła Adolfa Szyszko-Bohusza, zaczęto wtórnie kopać w rejonie łuku tęczowego. Odsłonięto południowo-zachodni narożnik krypty romańskiej, docierając najpierw do południowego muru krypty i do leżącej przy nim niedekorowanej części posadzki.
